Bilim

Hızlı Literatür Taraması Yapmak6 min read

10 Haziran 2019 4 min read

Hızlı Literatür Taraması Yapmak6 min read

Reading Time: 4 minutes

Zaman hız ve teknoloji zamanı. Her gün yeni teknolojiler geliştiriliyor, henüz yeni hayatımıza giren teknolojiler bile kısa zamanda eskiyip tarihin tozlu sayfalarındaki yerini alıyor. Hal böyle olunca en günceli ve en iyiyi takip etmek her zaman için mümkün olmuyor. Birbirleriyle karşılıklı olarak sürekli etkileşim içinde oldukları için bu durum bilimsel çalışmalarda da aynı şekilde devam ediyor.

Bilimsel çalışmalar dünyanın her yerinde(!) sürekli devam ediyor ve elde edilen sonuçlar da çeşitli yerlerde yayınlanıyor. Bunlara akademi camiasında yayın, makale vb şeyler denir. Bu çalışmalar bir dergide yayınlandıktan veya bir kongrede sunulduktan sonra çeşitli veritabanlarına kaydedilir ve daha sonra araştırma yapılırken, yani literatür taraması yapılırken, bu veritabanlarından faydalanılır.

Farklı büyük veritabanları farklı branşlar için mevcut fakat Yaşam Bilimleri alanında bilinen en en büyüklerden biri PubMed’dir. Geçen aylarda bir çalışmam için PubMed’den 1 sene içerisinde yapılan bütün çalışmaları kaydetmiştim ve toplamda 1 senede 1.000.000’dan fazla çalışma yayınlandığını görmüştüm. Tabi ki alt alanlara bölündüğünde ilgili çalışma sayısı daha az olacaktır.

Literatürü Hızlı Taramak Lazım

Sürekli güncel kalmak ve yeniyi öğrenmek isteyen birisi bu çalışmaları sürekli takip etmek zorunda. Dolayısıyla hızlı literatür taramsı yapmak gerekiyor. Ben de ilgi duyduğum alandaki çalışmaları her gün takip edip bugüne ve geçmişe dönük en güncel bilgiye sahip olmak, gerekli notları alıp ileride lazım olduğunda çıkarmak istiyorum. Bunun yolu da her gün PubMed gibi veritabanlarını takip edip kendi sistematik notlarını oluşturmaktan geçiyor.

Her gün PubMed’e girip kendi alanımla ilgili anahtar kelimelerini aratıp sonuçları filtreleyip istediğim bilgileri oradan çıkarmak ve Excel tablosuna not etmek çok zor oluyor. Hele ki günlük ortalama 10-15 çalışma yayınlandığını düşünürsek sürekli kopyalayıp yapıştırmak, linklerden linklere atlamak, scihub’a girip makaleye erişmek, geçmişe dönük atıf sayılarına bakmak, abstractları okumak, istatistik tutmak tam bir işkence oluyor. Ben de bu ihtiyaçtan yola çıkarak kendi bilgisayarımda çalışan ufak bir yazılım geliştirdim: PaperDB.

Teknik Kısım

Yazılımın 2 temel parçası var: Web arayüzü ve Crawler. Web arayüzünde Bootstrap ve VueJS kullanırken arka planda ve crawler kısmında Laravel frameworklerini kullandım. Bu 3 framework de hızlı bir şekilde prototipleyip kullanıma hazır hale gelmesini sağladığı için tercih ettim. Tasarım için de hızı ön planda tutacak şekilde componentleri tasarlayıp kullanmayı tercih ettim.

PubMed’den veri çekmek için daha önce yine kendi geliştirdiğim mobil uygulamam olan MediPub’da kullanmak üzere MediPub API’ı geliştirmiştim. Bu projede de gerekli yerlerde tekrardan geliştirmek yerine daha önceden geliştirdiğim API’ı kullandım.

Geliştirmeyi tamamladıktan sonra kendi bilgisayarımda Vagrant’taki Homestead ortamında çalıştırmaya ve kullanmaya başladım. Şimdilik herhangi bir halka açık sunucuda veya alan adında çalışmıyor.

Bütün bu süreçler yukarıdaki sebepler sayesinde bir gecede bitti ve PaperDB kullanıma hazır hale geldi.

Ekran Görüntüleri

Özellikler kısmına geçmeden önce ekran görüntülerine bakabilirsiniz.

PaperDB bütün çalışmaların listelendiği ekran.
Bir çalışma seçildiğinde o çalışma ile ilgili işlemlerin yapıldığı ekran.
Genel kaba istatistiklerin gösterildiği ekran.

Özellikler ve Kullanımı

Web arayüzü benim ihtiyacım olan kullanışlılığı sağlarken crawler kısmı da benim her gün girip baktığım anahtar kelimelerdeki çalışmaları otomatik olarak tarayıp benim veritabanıma kaydediyor.

Crawler kısmı beni birkaç iş yapmaktan kurtarıyor. PubMed’e girip anahtar kelimeleri arayıp onları Excel’e atmaktansa otomatik olarak veritabanıma kaydediyor ve ben arayüzden istediğim şekilde onu görebiliyorum. Yani ben PaperDB’yi açtığımda bunlar zaten yapılmış oluyor. Onun dışında crawler, her gün veritabanındaki çalışmaların atıf sayılarını da tek tek güncelliyor. Yani hangi makale kaç atıf almış tek tek bakacağıma elimde bununla ilgili hazır bir veri de tutulmuş oluyor. Atıf sayısına ek olarak çalışmanın yayınlandığı ülke gibi kendi alanım açısından önemli verileri de kaydedip istatistik tutabiliyorum.

Arayüzün amacı ise beni siteden siteye geçmekten ve Excel’den kurtarmak. Bütün işlemleri kendi veritabanım üzerinden yaptığım için ekstra başka bir şeye ihtiyaç duymuyorum.

  • Çalışmanın başlığını, yapan kişilerin tam isimlerini, yayınlandığı dergiyi, yayınlandığı ülkeyi, aldığı atıf sayısını direkt PaperDB üzerinden görebiliyorum.
  • Çalışmanın abstract’ını direkt PaperDB üzerinden okuyabiliyorum.
  • Makaleyi okumak istersem scihub’a herhangi bir şey kopyalamaya ihtiyaç duymadan tek tıklamayla makalenin PDF’ine erişebiliyorum.
  • Makaleye kendi kafama göre özellik ve etiket tanımlayıp sonra bu etiketlere ihtiyacım olduğunda direkt erişebiliyorum.
  • Makale skorlaması yapıp ihtiyaç halinde hızlıca ihtiyacım olan veriyi çıkartabiliyorum.
  • Genel istatistik çıkartarak hangi ülke daha baskın, hangi alanda daha çok çalışma var, hangileri daha çok atıf almış bunun gibi verilere çok hızlı bir şekilde ulaşabiliyorum.

Özetle bu sistem genel amelelik olan iş yükümü azaltarak sadece içeriğe odaklanmamı sağlayan bir sistem olmuş oldu. Geriye dönüp baktığımda normalde 1 saate yakın zaman alan günlük literatür taraması işi PaperDB sayesinde 15-20 dk arasına düştü. Zamanı da bir kenara bırakacak olursak elimde kendi alanımla ilgili neredeyse kimsede olmayan en önemlisi de düzenli, filtreli ve istediğim zaman hızlıca ortaya çıkarabileceğim veriler oluyor.

Genel Kullanıma Açılacak mı?

Genel kullanıma açmak konusunda şimdilik olumsuz düşünüyorum. Çünkü herkesin kullanabileceği bir hale getirmek ve sürekliliğini sağlayabilmek için geliştirme maliyetinin dışında tarama için sunucu maliyeti de artıyor. Bunu şimdilik karşılayabileceğimi sanmıyorum. Ben kendi bilgisayarıma veya sunucuma kurup kendim kullanmak istiyorum, artık ben de hızlı literatür taraması yapmak istiyorum diyen olursa da kaynak kodları paylaşabilirim. Bana mail atmanız veya iletişim formundan yazmanız yeterli.

Geribildirimlerinizi, soru, görüş ve önerilerinizi yorum yaparak belirtebilirsiniz. Teşekkürler.

Leave a comment

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir